Tokyobörsens Nikkei 225-index sjönk 0,8 procent medan det bredare Topix-index backade 1,3 procent. En ny undersökning visar att tillförsikten hos Japans tillverkningsindustri är den lägsta sedan 2009.
Inköpschefsindex från Kinas tillverkningsindustri visar att aktiviteten fortsatte att öka i juni, och det något mer än väntat, enligt Caxin/Markit.
Shanghaibörsens kompositindex stiger 0,7 procent i den sena handeln.
Börsen i Hongkong är stängd under onsdagen på grund av helgdag.
Taiwans Weighted index steg 0,7 procent.
Seoulbörsens Kospi-index ökade 0,2 procent.