Räddningstjänsten ryckte ut på ett automatlarm från Frejaskolan strax efter klockan 12 på onsdagen.
– Det handlar om skadegörelse. Det började inte brinna men blev skador på toaletten, säger Ludvig Tejler, operativ chef vid Södertörns brandförsvarsförbund.
Enligt Monica Bergström, polisens presstalesperson, ska polis ha kallats till platsen av räddningstjänsten.
– Det är sannolikt att skolan evakuerades i samband med brandlarmet, säger hon.
Polisen har under eftermiddagen hållit förhör med vittnen samt pratat med skolpersonal och rektor.
Vad som framkommit i förhören har presstalespersonen inga uppgifter om.
Det finns ingen misstänkt för skadegörelsen.