Någon ombord på tåget slog larm om att en annan passagerare synts ladda ett vapen, varpå militärpolisen ryckte ut med en styrka. Männen greps på slutstationen vid flygplatsen.
"Mannen som hade skjutvapnet och hans reskamrat har frihetsberövats för ytterligare utredning", meddelar militärpolisen.
Det framgår inte exakt när händelsen ägde rum.
Det vistades sannolikt inte många människor på annars vältrafikerade Schiphol på påskaftonskvällen. Trafiken har gått ned kraftigt med anledning av coronaviruset och endast ett fåtal passagerarplan har lyft och landat.