Beskedet kommer efter oenighet om hur coronapandemin ska hanteras. Bolsonaro har vänt sig mot att restriktioner införts för att hindra smittspridning eftersom det slår mot ekonomin. Presidenten har även uttryckt att virusutbrottets allvar överdrivits.
Mandetta, som efterträds av onkologen Nelson Teich, meddelar att han trots avskedet fortfarande står till förfogande i kampen mot smittan.