Hon efterträder Lars Danielsson som haft posten i sex år och går i pension till sommaren.
Rollen EU-ambassadör kan ses som regeringskansliets förlängda arm i Bryssel.
I dag är Mikaela Kumlin Granit ambassadör i London. Hon har tidigare varit ambassadör i Wien och på meritlistan finns bland annat rollen som ordförande för det internationella atomenergiorganet IAEA:s styrelse.
Mikaela Kumlin Granit tillträder tjänsten i augusti.