Ett målsägarbiträde har utsetts av Södertörns tingsrätt för pojkens vårdnadshavare.
En tonårig pojke sitter sedan tidigare häktad i ärendet misstänkt för medhjälp till människorov.
– Jag kan i dagsläget inte kommentera om den häktade pojken är misstänkt för mordet, säger senior åklagare Hanna Cardell som är förundersökningsledare.
Den 14-åriga pojken som nu misstänks vara mördad var placerad i Nyköping enligt lagen om vård av unga, LVU. Han försvann i slutet av juli. Polisen misstänker att han blev bortförd i Stockholmsområdet.
Samtidigt försvann en annan 14-åring från ett HVB-hem i Nyköping. Den 14-åringen hittades senare mördad i ett skogsparti i Nynäshamn.
Åklagarmyndigheten har tidigare uppgett att polisen utreder om de båda ärendena har koppling till varandra men har inte lämnat mer information om eventuella kopplingar.