Enheter från polis, räddningstjänst, ambulans och personal från en järnvägsentreprenör var på plats.
Larmet gick strax innan klockan 01 på lördagsdygnet. En person befarades ha blivit påkörd.
Tåget, ett Mälartåg, var på väg söderut och stod stilla på rälsen i minst en timme, enligt uppgifter från platsen.
Insatsen var centrerad kring ett område vid järnvägen mellan Östra Rundgatan och Isaksdal i Nyköping.
– Vi har varit involverade i det här ärendet. Det finns inga misstankar om brott, säger polisens presstalesperson Olle Älveroth.