Tunneln ska ge en säkrare skolväg mellan Nyköpings högstadium Alpha och Rosenkällaområdet samt Rosvalla.
Bygget beräknas kosta 23 miljoner kronor, varav Trafikverket betalar elva miljoner.
Samtliga partier, utom Sverigedemokraterna, var eniga om beslutet.
Det har varit många turer kring tunnelbygget som varit planerat en längre tid.
Bland annat gjorde Kristdemokraterna tunnelbygget till en valfråga hösten 2014. Men projektet har drabbats av ständiga förseningar. Under våren 2015 sökte Nyköpings kommun statsbidrag från Trafikverket för att få halva byggkostnaden betalad. Samtidigt plockades tunnelbygget tillbaka i planeringen inför 2016.
Efter nästan ett års väntan avslog Trafikverket kommunens ansökan och tunnelbygget blev allt osäkrare. Men i våras vände det igen.
– För någon månad sedan hörde Trafikverket av sig, man hade fått extra pengar, och då skickade jag in en ny ansökan, säger Almir Malkoc, projektledare på Nyköpings kommun i maj.
De Alpha-elever som SN pratade med då tyckte att en ny tunnel lät som en bra idé.
– Klart att det känns säkrare med en gångtunnel, fast bilisterna stannar alltid och släpper över oss, sa Julia Karlsson.
– Det är väl bra att tunneln byggs, även om det kostar mycket pengar, menade Amanda Ståhl.