Vid klockan 11 på förmiddagen larmades SOS med anledning av en olycka vid den obevakade järnvägsövergången mellan Kråkbergsvägen och Sankt Annegatan.
Ett passagerartåg blev tillfälligt helt still på platsen och inga andra tåg kunde passera.
– Det är en tågolycka, en man som blivit påkörd. Mannen är påträffad och är nu i ambulansen, säger Stefan Karlsson, insatsledare på Sörmlandskustens räddningstjänst.
Han uttalade sig inte ytterligare om skadeläget på plats.
Från polisen sida har man genomfört förhör med personer som befann sig vid olycksplatsen för att försöka få klarhet orsakerna till händelsen. Strax efter klockan 13 meddelade polisen att mannen var avliden och att hans anhöriga har underrättats. I nuläget finns det inga misstankar om brott kopplat till olyckan.
– Vi vet inte vad som orsakade olyckan men det kommer att utredas. Vi utreder dödsfall på grund av brott, olycksfall, suicid eller andra onaturliga eller oväntade dödsfall. Det gör vi även om det inte finns några brottsmisstankar, säger Monica Bergström som är presstalesperson hos polisen.
Ingen ur personalen eller de passagerare som befann sig ombord på tåget ska ha skadats fysiskt.
Efter en dryg timme med totalstopp förbi Nyköping meddelade Trafikverket via sin hemsida att trafiken återupptogs med vissa följdförseningar.