Lönesystemet, som levereras av företaget Bluegarden AB i Stockholm, togs i bruk under våren 2015.
Personalen på kommunens löneenhet sattes under stor press, många sjukskrevs och facket Vision larmade Arbetsmiljöverket, som krävde åtgärder.
I april 2016 sjösatte kommunens personalansvarige, HR-chefen Madeleine Lennartsson, en plan för att få lönesystemet att fungera.
Men nu sätter hon ned foten och vill bryta avtalet, som gäller till 31 december 2018, med leverantören Bluegarden.
– Vi har bestämt oss för att inte förlänga avtalet och kommer att gå ut med en upphandling i förhoppning om att vi kan byta system tidigare än december 2018, säger Madeleine Lennartsson.
Beror situationen på löneenheten på det nya lönesystemet?
– Ja, så är det.
Avtalet, som kostar mellan tio och femton miljoner kronor, rullar alltså på oavsett om Nyköpings kommun använder det eller ej. Men Madeleine Lennartsson vet inte säkert vad kostnaden blir.
– Vi ska dels räkna på våra kostnader hittills, vi är ännu inte i full drift och betalar inte fullt pris till Bluegarden. Nu ska vi ha en dialog om hur vi ska avsluta det här samarbetet.
– Sedan ska vi göra en rimlighetsbedömning om vad vi får för kostnader framåt, vi står just nu i den ekonomiska biten, säger hon.
Blir det dubbla kostnader när ni handlat upp ett nytt system?
– Det kan jag inte svara på ännu eftersom förhandlingen med Bluegarden inte är klar.
Enligt Madeleine Lennartson finns det flera anledningar att man nu säger upp avtalet.
– Vi får inte ut den effekt som vi ville ha av den lösning vi har i dag. Det är väl så att både leverantören och vi själva inte har lyckats fullt ut.
Sedan våren 2015 har problemen hopat sig med lönesystemet. Statistik kring sjukfrånvaro gick inte att få ut, det gick inte att se om frånvaro, ob, övertid och helgtillägg hade reglerats korrekt och dagar i grundscheman försvann.
Under senaste halvåret har dock dessa buggar i systemet delvis rättats till.
– Ja, det fungerar bättre än vad det gjorde i våras, systemet i sig har blivit mer stabilt och vi får ut mer och mer av det, säger Madeleine Lennartsson.
Ni har hållit på under två år, systemet börjar fungera, nu ska ni köpa ett nytt system, hur ska det gå?
– Eftersom det inte fungerar fullt ut så tror jag folk i vår organisation har full förståelse för att vi gör det här.
– Men naturligtvis ska vi göra en analys, vilka lärdomar kan vi dra av det här inför nästa byte, säger Madeleine Lennartsson.
Bluegarden AB som levererar lönesystemet vill inte kommentera Nyköpings kommuns beslut att avsluta samarbetet.
– Vi hänvisar till kommunens pressmeddelanden, säger marknadschefen Roger Karlsson.