De två personerna fick snabbt hjälp av förbipasserande båtar och kunde plockas upp ur vattnet.
– Vi är på väg ut till platsen tillsammans med Kustbevakningen för att släcka branden och se till att det inte blir några miljöskador av till exempel utsläpp från båten, säger Patrick Johansson, operativ chef på Södertörns brandförsvar.
– Vi och ambulans är också på plats vid landsidan för att möta upp och säkerställa att personerna är okej, säger han.
I nuläget vet man inte hur branden på båten har uppstått.