Vid en oanmäld inspektion den 9 september upptäckte Transportstyrelsen "betydande brister" som innebär att flygsäkerheten sänkts.
Enligt SVT Sörmland, som var först att berätta om turerna, går 17 elever på skolan. Eleverna kommer från hela världen och betalar avsevärda belopp för pilotutbildningen.
– Vi gör minst en tillsyn varje år. Nu begränsade vi deras tillstånd, säger Daniel Wastesson, flyginspektör vid Transportstyrelsen till SN.
Skolföretaget har överklagat beslutet till förvaltningsrätten i Linköping.
Transportstyrelsen anmärkte bland annat på att skolan inte kan visa att de utbildar i "återgång från oönskade flyglägen". Piloterna ska alltså lära sig hur man hanterar ett onormalt läge.
– Kravet infördes i flygutbildningen efter kraschen med Air Franceplan 447 år 2009. Planet flög från Sydamerika på väg till Europa och hamnade i moln och isbildning och hela flygplanet havererade, säger Daniel Wastesson.
Bara någon dag efter att tillstånden drogs in sade skolchefen upp sig. Utbildningen är nu stoppad och skolan måste senast den 1 december visa att de uppfyller de krav som ställs.
SN har tidigare berättat om problem vid flygskolan på Skavsta. I april havererade ett av skolplanen med en lärare och en elev ombord. De klarade sig oskadda.
Faranak Lotfizad, marknadschef vid flygskolan, säger att problemen med tillstånden är tillfälliga och hänvisar i övrigt till skolans ansvarige chef. Han har dock inte återkommit.