Även en 21-årig kvinna som är anhållen för försök till grovt skyddande av brottsling i ärendet har häktats.
En 15-årig pojke från Nyköping sitter sedan tidigare häktad för medhjälp till mord.
Den 14-årige pojken hade varit försvunnen från ett familjehem i flera veckor innan han hittades död i ett skogsparti i Upplands Bro i augusti.
Samtidigt försvann en annan 14-årig pojke i som också senare hittades död, men i en annan del av Stockholms län. Polisen utreder om morden har kopplingar till varandra, samt om det finns kopplingar till kriminella nätverk.
Båda pojkarna var hemmahörande i Nyköping. Den ena bodde på HVB-hem och den andra var familjehemsplacerad.
De tre som nu häktats kommer från Stockholmsområdet.
Åklagare Hanna Cardell leder utredningen. Hon utesluter inte att fler personer kommer att gripas.
– Vi utreder om det finns kopplingar till gängkriminella men jag kan inte gå in på några detaljer. Ingen är frihetsberövad för båda ärendena.
De två pojkmorden utreds parallellt av en särskild utredningsgrupp vid polisen. Just nu handlar det bland annat på att hålla förhör, kontrollera telefoner och genomföra tekniska undersökningar.
TV-programmet Efterlyst har visat en övervakningsfilm där den mördade 14-åringen syns handla i en kiosk i Kallhäll.
– Vi vill se om det finns någon som sett pojken eller gjort iakttagelser när han är vid den här platsen, säger Hanna Cardell som valde att lämna ut filmen.