Enligt Nyköpings kommun skulle Trafikverkets förslag försämra både Nyköpings och Skavstas möjligheter att utvecklas. Nyköpings kommun hävdar att Trafikverket har fel perspektiv och att verket frångår sitt uppdrag.
Konflikten handlar om var Ostlänkens station vid Skavsta ska placeras, på huvudbanan eller på bibanan som går förbi Nyköpings resecentrum. Redan tidigare har Nyköping riktat skarp kritik mot Trafikverkets förslag och Trafikverket har redogjort för sin ståndpunkt. Men parterna står fortfarande lika långt från varandra.
Nyköpings kommun anklagar nu Trafikverket för att helt negligera Nyköpings och övriga Ostlänkenkommuners utveckling. Anledningen till att utvecklingsmöjligheterna för Nyköping och Skavsta försämras är, enligt kommunen, bland annat att restiden blir längre mellan Stockholm och Skavsta och något längre mellan Norrköping och Nyköping.
I grunden är det synen på Skavsta som framtida storflygplats som skiljer de två parterna år. Nyköping räknar med en framtid där Skavsta har runt sex miljoner passagerare varje år (jämfört med nuvarande cirka två miljoner) och är ett komplement till Arlanda för internationell och nationell flygtrafik. Trafikverket anser däremot att den prognosen är osäker och är inte övertygat om att Skavsta kommer att växa i den omfattningen.