Örnarna hade oturen att komma i vägen för tåget som körde i riktning mot Stockholm, i tisdags.
En av örnarna fastnade på tåget och följde med till Hagalundsdepån, meddelade Trafikverket i sin anmälan till polisen.
Den olyckliga örnkrocken inträffade klockan 13.19 på tisdagen.
Polisen misstänker inget brott.
Trafikanter är skyldiga att rapportera krock med ett vilt djur till polisen. Anmälningsplikten gäller björn, varg, järv, lo, älg, hjort, rådjur, utter, vildsvin, mufflonfår och örn. Den som inte polisanmäler en viltolycka riskerar böter.