I anmälan framgår bland annat att en elev ska ha utsatts för kränkande behandling och att elevens behov av stödinsatser inte ska ha tillgodosetts.
Enligt föräldern ska skolan inte ha följt den plan som utformats för barnet, plus att dennes resurs plockas bort utan förvarning vilket inneburit "kaos".
SI har nu startat en utredning där man begär att huvudmannen, Trosa kommun, ska yttra sig kring en rad frågeställningar rörande verksamheten.
Rektorn för skolan ska också svara på om vederbörande anser att eleven är i behov av särskilt stöd och om elevens behov av särskilt stöd utretts.