Företagets bokningssystem hade tekniska problem från klockan 14 till strax före klockan 18.
– Vi beklagar givetvis de resenärer som har drabbats. Vi jobbar hårt för att sådant här inte ska uppkomma, säger Morgan Lindström vid SJ:s presstjänst.
Det drabbade alla köp hos SJ – i deras app, hemsida och i stationernas automater.
De som planerat att resa, men inte hunnit köpa biljett, fick därför resa gratis i mån av plats.
Det är ännu oklart vad som orsakade de tekniska problemen.