Olyckan inträffade strax innan Södertälje hamn 06.54 på måndagsmorgonen.
Ett godståg spårade ur vid Södertälje hamn och när Gnestapendeln senare kom rullande 07.15 fick lokföraren information om att det var "fritt fram". Informationen var dock felaktig och pendeltåget kolliderade med det urspårade godståget.
– Lokföraren beskrev det som en kraftig duns, säger Peter Behrman, presskommunikatör på Trafikverket.
Bilder från händelsen visar hur fönstren på Gnestapendeln krossades. Enligt uppgifter ska ingen ha skadats allvarligt, men händelsen ska nu utredas.
– Hur kan ett efterföljande tåg köra in i ett urspårat? Det är många aspekter i det här som måste utredas, säger Peter Behrman på Trafikverket.
Utredningen tros ta flera månader.
Efter krocken släpptes passagerarna av vid Södertälje hamn där tågen nu står. Detta medför kraftiga förseningar på sträckan Gnesta-Södertälje där bara ett spår är öppet.
– Vi har ingen prognos när trafiken flyter på som vanligt, men det borde vara under förmiddagen, säger Peter Behrman.
Vid 13.00 kunde tågtrafiken mellan Södertälje C - Gnesta och omvänt åter trafikeras som vanligt, enligt Trafikverket.