Männen blev beskjutna vid tvåtiden när de färdades på Ekdalsgatan i höjd med Nygatan mitt i centrum och många personer blev vittnen till händelsen.
Enligt polisen är det oklart hur många personer som befann sig i bilen där skotten kom i från, men efteråt försvann den snabbt från platsen. Enligt vittnen ska det röra sig om en ljus bil, troligtvis en Volkswagen Jetta eller Golf.
Föraren, en 27-årig man, träffades i ansiktet och bröstet och fördes i ambulans till Södertälje lasarett.
- För honom är läget mycket allvarligt, säger Lotta Thyni, informationsansvarig på Södertäljepolisen.
En 37-årig man som var passagerare i bilen träffades i bland annat magen, men stod på benen när polisen kom till platsen. Man har ännu inte kunnat höra de skadade, men de är kända av polisen sedan tidigare.
Bakgrunden till skottlossningen var inledningsvis oklar, men polisen har inlett en förundersökning om mordförsök.
- Vi är angelägna om att komma i kontakt med alla som har gjort iakttagelser på brottsplatsen. Det finns bland annat vittnesuppgifter om en taxi med kunder som befann sig i närheten, säger Lotta Thyni.