Olyckan, som skedde mellan Stuvsta och Huddinge under natten till tisdag, ska ha orsakat stora skador på spåren. Bara två av fyra spår är farbara mellan Älvsjö och Flemingsberg.
Tågen mellan Stockholm–Vagnhärad/Nyköping och Stockholm–Gnesta påverkas. Vissa tåg är inställda och ersätts av bussar.
På Gnestasträckan är tre tåg inställda under eftermiddagen och kvällen. När det gäller Nyköping/Vagnhärad är två tåg inställda, åtminstone enligt den information som lämnades ut på sj.se vid 16-tiden på tisdagseftermiddagen. Resenärer hänvisas till ersättningsbussar.
Även på onsdagsmorgonen beräknas tåg vara inställda.
– Det är rusningstrafiken som påverkas mest och vi uppmanar till att man tittar på SL:s hemsida för att få veta vad som gäller eller med det tågföretag men reser med, säger Roger Falk vid Trafikverkets pressjour till Aftonbladet.
Enligt den preliminära informationen kan reparationsarbetet ta upp till en vecka.
SN var på plats vid Nyköpings centralstation strax efter sju på tisdagsmorgonen. Då hade det första tåget avgått som planerat och enbart varit tre minuter sent till Stockholms central.