Orsaken till avslaget är att ansökan kom in för sent. Den är daterad den 10 februari, men nådde länsstyrelsen först den 25 mars. Enligt vad Trosa kommun tidigare uppgett för SN berodde förseningen på ett missförstånd.
Nu är det hur som helst för sent att göra något åt saken, fastslår länsstyrelsen.
– Det går inte att låta dem göra det de ansökt om att få göra med tanke på att häckningen redan kommit i gång. Det handlar både om hänsyn till skarven och om hänsyn till övrigt djurliv på ön, säger naturvårdshandläggare Per Flodin.
Kommunen hade ansökt om att få skrämma skarven på samma sätt som förra året, det vill säga genom att besöka ön, samt om att få skjuta ett par vuxna fåglar i skrämselsyfte.
Motivet är att skarven riskerar att ta död på det sällsynta lindblomsbjörnbäret – ett motiv som länsstyrelsen gärna hade sett en längre utvikning kring.
– Det är vanligt att man dels beskriver vilka alternativa åtgärder som vidtagits, dels att man gör en problembeskrivning. Det blir lite mer tydligt på det sättet, säger Per Flodin.
Länsstyrelsen pekar även på en annan brist i Trosa kommuns hantering av skarvfrågan: kommunen skulle senast den 1 oktober 2013 lämna en rapport om resultatet av förra årets skrämselåtgärder, men någon sådan rapport kom aldrig in.
– Det är en sådan sak vi tar upp. Men tidsaspekten är skälet till att de får avslag, säger Per Flodin.
SN lyckades på skärtorsdagen inte nå Trosa kommun för en kommentar.