Fängelseledningen uppger att de mördats av gängmedlemmar.
Ytterligare två fångar skadades under oroligheterna, då bland annat en brand anlades. Enligt den honduranska räddningstjänsten hördes skottlossning från fängelset när släckningsarbetet inleddes.
Militären hade på söndagen återtagit kontrollen över situationen på fängelset, som ligger i Támara norr om huvudstaden Tegucigalpa.
I det centralamerikanska landet finns 25 fängelser med sammanlagt omkring 21 500 interner. Anstalterna är generellt överbelagda och våldet är utbrett. Sedan december bevakar militären Honduras fängelser.