Alla de ombordvarande 379 passagerare på flygplanet från Japan Airlines evakuerades, bekräftar flygbolaget för det japanska public service-bolaget NHK.
Av de sex personer som fanns på kustbevakningsplanet har fem omkommit, skriver BBC.
Passagerarplanet flög från Hokkaido till Tokyo när det fattade eld vid kollisionen på landningsbanan. Bilder och videoklipp som delats på sociala medier visar passagerare i den rökfyllda kabinen som skriker.
Branden släcktes inte förrän efter att den rasat i mer än sex timmar, rapporterar Reuters med hänvisning till TBS.
Enligt Japan Airlines skadades 14 personer på passagerarplanet, men ingen verkar ha blivit livshotande skadad.
Kontakt utreds
Vid en pressträff säger en tjänsteman från Japan Airlines att flygbolagets uppfattning är att flyget hade fått tillstånd att landa, men att kontakten med flygledningen utreds.
Den svenske flygsäkerhetsexperten Hans Kjäll bedömer, utifrån det han sett av olyckan, att passagerarplanet kolliderade med det andra planet när detta av misstag körde ut på banan.
– Problemet är att man har två olika flygledningskanaler, en för markoperationer och en för flygoperationer. Det kan vara koordinationsfel som gjort att man missförstod tillståndet att köra in på banan, säger han och fortsätter:
– Tekniken är nog väldigt god, men man ska aldrig glömma att det är människor som styr tekniken. Det behövs bara några sekunders distraktion för att ett missförstånd ska uppstå.
Trafikerad flygplats
Han drar en parallell till den hittills dödligaste olyckan på Los Rodeos-flygplatsen på Teneriffa 1977, när två plan i tät dimma kolliderade på startbanan. Då omkom 583 personer.
Haneda är en av Japans mest trafikerade flygplatser, och har inte haft några svårare incidenter de senaste åren.
– Men det är naturligtvis en hård belastning på flygplatsen, så jag skulle tro att den bakomliggande orsaken till olyckan är stress med många plan att dirigera, säger Hans Kjäll.