Enligt den statliga säkerhetstjänsten GKNB har förberedelser för att organisera upplopp "med syfte att ta över makten" stoppats.
Gripandena kommer bara några dagar efter att EU:s rådsordförande Charles Michel besökte landet, då den kirgiziska presidenten Sadyr Japarov lovade att arbeta "hand i hand" med EU.
Det fattiga landet med omkring 6,5 miljoner invånare har hamnat i politiskt kaos flera gånger efter självständigheten från Sovjetunionen 1991.