Ingen person ska enligt uttalandet ha kommit till skada.
Strax innan midnatt hördes explosioner i närheten av huvudstaden, men luftvärnet ska ha slagit ut flera inkommande projektiler.
Sedan inbördeskriget bröt ut i Syrien har Israel regelbundet attackerat mål i Syrien, oftast utan att kommentera dem. I det senaste flyganfallet, i början av maj, dödades sju personer.