Narkotikan hittades i torsdags morse, när varorna packades ur, rapporterar den tyska tidningen BZ.
En stor polisinsats ryckte ut för att bevaka butikerna och narkotikan. Minst fyra Lidl-butiker i Brandenburg och sju i Berlin har drabbats. Mellan 20 och 100 kilo kokain har hittats i varje butik.
Polisen i Brandenburg har nu beslagtagit kokainet, bekräftar polisens talesperson.