Uttalandet kommer efter anklagelser från USA:s sida om att en kinesisk stridspilot ska ha genomfört en "onödigt aggressiv manöver" nära ett amerikanskt övervakningsflygplan över Sydkinesiska sjön förra veckan.
USA hade bjudit in Kinas försvarsminister Li Shangfu till ett samtal med Austin i samband med ett försvarstoppmöte i Singapore i veckan, men mötet ställdes därefter in av Kina.
Under torsdagen beklagade den amerikanska försvarsministern beslutet.
"Ni har hört mig tala ett antal gånger om vikten av att länder med betydande kapacitet kan tala med varandra för att vi ska kunna hantera kriser", sa Austin.