Det öppnar för en rafflande titelstrid med toppkonkurrenterna Barcelona och Real Madrid.
Sevilla hade chansen på ett ledningsmål redan i den åttonde minuten då man tilldömdes en straff. Men Jan Oblak i Madrid-målet lyckades styrde undan Lucas Ocampos skott.
Hemmalaget dominerade bollinnehavet matchen igenom och lyckades till slut få utdelning när Marcos Acuna nickade in segermålet.
Atlético Madrid toppar fortsatt La Liga-tabellen på 66 poäng efter 29 matcher, men har tappat lite av sitt försprång efter missräkningarna mot Sevilla och Getafe (0–0). Real Madrid och Barcelona är nu hack i häl på 63 respektive 62 poäng.