Han hamnade i blåsväder för en kommentar om förbundets vice ordförande Rainer Koch, som Keller benämnde som "Freisler". Det syftar på Ronald Freisler som var en framträdande nazistisk domare under andra världskriget.
Enligt förbundet DFB har Keller tagit ett personligt beslut som innebär att han är redo att avgå. På måndag väntas han lämna DFB:s styrelse.
Enligt DFB avgår även generalsekreteraren Friedrich Curtuis, medan Koch och kassören Stephan Osnabrügge inte tänker kandidera för omval 2022.
DFB har i ett uttalande sagt att man nu stakar ut en ny väg.