Anfallaren skriver att han smittades av sjukdomen när han var på landslagsuppdrag med Gabon i slutet av mars.
Han har varit inlagd på sjukhus i flera dagar, men är på bättringsvägen.
"Jag har inte känt mig som mig själv de senaste veckorna, men ska snart komma tillbaka starkare än någonsin", skriver Aubameyang på Instagram.
31-åringen missade Premier League-matchen mot Sheffield United i helgen, då sade klubben att det rörde sig om influensan.