Sargon Aphrem gjorde tre mål, övriga mål för hemmalaget gjordes av Christoffer Altunkaya 2, Maykel Issa 2 och David Somi.
Nya Södertälje har tre segrar och två förluster på de senaste fem matcherna, medan Trosa Vagnhärad U har fem förluster.
Det här betyder att Nya Södertälje är kvar på femte plats, och Trosa Vagnhärad U stannar sist, på tolfte plats, i tabellen.
Söndag 7 augusti 16.00 spelar Trosa Vagnhärad U hemma mot Barva.