Segermålet för Runtuna stod Tobias Johansson för efter 76 minuter.
Stigtomta fick en bra start på matchen. Eric Svärdh slog till, redan i sjunde minuten.
Runtuna kvitterade till 1-1 tidigt i matchen, genom Jesper Larsson, i åttonde minuten.
Bara två minuter senare var det Viktor Zorondo Silverbern som såg till att Runtuna tog ledningen. Direkt efter pausen slog Niklas Wennerberg till och kvitterade för Stigtomta.
Tobias Johansson gjorde det matchavgörande målet med knappa kvarten kvar. 2-3-målet blev matchens sista.
Stigtomta har två vinster, en oavgjord och två förluster på de senaste fem matcherna, medan Runtuna har två vinster, en oavgjord och två förluster. Det här var Stigtomtas andra uddamålsförlust den här säsongen.
Med två omgångar kvar är Stigtomta på tionde plats i tabellen, medan Runtuna är på sjätte plats.
Lördag 8 oktober 11.00 spelar Stigtomta hemma mot IFK Nyköping U.