IFK Nyköping ligger på tredje plats i tabellen.
Segermålet för Eskilstuna FC stod Ted Henriksson för efter 90 minuter.
Därmed har Eskilstuna FC vunnit sex matcher i rad.
Eskilstuna FC startade matchen bäst och tog ledningen. Nemanja Plamenic slog till, redan i sjätte minuten.
IFK Nyköping kvitterade till 1-1 i 36:e minuten, genom Jesper Lindberg.
Eskilstuna FC tog ledningen strax före halvtidsvilan, genom Isam Abassi. Direkt efter pausen gjorde Liam Thunström mål och kvitterade för IFK Nyköping.
Det matchavgörande målet kom i 90:e minuten, när Ted Henriksson gjorde 3-2 för Eskilstuna FC. Det fastställde slutresultatet till 3-2.
I den 90:e minuten fick Eskilstuna FC Ted Henriksson utvisad, och fick spela med en man mindre sista minuterna.
Eskilstuna FC har fem segrar på de senaste fem matcherna, medan IFK Nyköping har två vinster, en oavgjord och två förluster. Det här var Eskilstuna FC:s sjätte uddamålsseger den här säsongen. Förlusten var också IFK Nyköpings tredje uddamålsförlust.
I nästa match möter Eskilstuna FC Jäder borta på lördag 24 september 14.00. IFK Nyköping möter Södertälje FF torsdag 22 september 19.30 hemma.