Mariefred avgjorde matchen i andra halvlek, efter en mållös första.
Målen gjordes av Elias Hårdstedt, Linus Plate och Filip Rydström.
Gnesta har tre vinster, en oavgjord och en förlust på de senaste fem matcherna, medan Mariefred har fyra vinster och en oavgjord.
Resultatet innebär att Gnesta ligger kvar på femte plats och Mariefred toppar tabellen.
Gnesta tar sig an Barva i sista matchen borta lördag 1 oktober 14.00.