Första halvlek blev mållös, men direkt efter pausen slog Richard House till och gav Hällbybrunn ledningen.
David Johansson ökade Hällbybrunns ledning i 78:e minuten. Det fastställde slutresultatet till 2-0.
I den 88:e minuten fick IFK Nyköping U Lucas Jonsson utvisad, och fick spela med en man mindre sista två minuterna.
Hällbybrunn har tre segrar, en oavgjord och en förlust på de senaste fem matcherna, medan IFK Nyköping U har två vinster och tre förluster.
För Hällbybrunn gör resultatet att man nu ligger på fjärde plats i tabellen, medan IFK Nyköping U är på åttonde plats.
Nästa motstånd för IFK Nyköping U är Råby/Rönö. Lagen möts söndag 4 september 13.00 på Rosvalla Arena.