Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 58:e minuten innan Albin Andersson gav IFK Nyköping U ledningen.
Först med sex minuter kvar att spela ökade IFK Nyköping U ledningen genom Ilias Anosheh.
Till slut kom också 3-0 genom Albin Andersson i 88:e minuten.
IFK Nyköping U har två segrar, en oavgjord och två förluster och 12-10 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Marsjö Byle har en vinst och fyra förluster och 5-13 i målskillnad.
IFK Nyköping U:s nya tabellposition är sjätte plats, medan Marsjö Byle är på nionde plats.
Nästa motstånd för IFK Nyköping U är Katrineholms SK U. Lagen möts lördag 31 augusti 11.00 på Backavallen A.