Landslagsanfallaren slog till 26 minuter in i första halvlek, med ett avslut från nära håll som gick mellan benen på målvakten Marko Dmitrovic.
Isak såg ut att befinna sig i en offsideposition, men VAR-kontrollen visade att så inte var fallet.
Bara minuter senare var han nära kvällens andra mål, men den här gången stod Dmitrovic i vägen.
Så även kort efter pausen, när Isak sprang sig fri. Dmitrovic läste Isaks dragning och knep bollen framför fötterna på svensken, som med en kvart kvar byttes ut mot Adnan Januzaj.
I och med målet nådde Isak en personlig milstolpe. Han har aldrig tidigare gjort så många mål under en säsong.
För ligafemman Real Sociedad handlar de återstående fem omgångarna om att hålla undan för Real Betis och Villarreal – och säkra spel i Europa League.
Chansen att nå Champions League är borta. Fyran Sevilla har den sista spanska platsen just nu och är 17 poäng före med 15 poäng kvar att spela om.
Kampen om ligaguldet har alla förutsättningar att bli en rysare in i det sista. Atlético Madrid, Real Madrid, Barcelona och Sevilla befinner sig inom ett spann på tre poäng.