Mustaf Shaer Mahamed och Francisco Thomsson gjorde ett mål var för IFK Nyköping.
Efter en mållös första halvlek var IFK Nyköping starkare i andra halvlek.
IFK Nyköpings nya tabellposition är fjärde plats, medan Primavera är på sjätte plats.
I nästa match, lördag 25 september, har IFK Nyköping Harg borta på Folkungavallen 13.00, medan Primavera spelar hemma mot BK Sport 14.00.