Södertälje FF avgjorde matchen i andra halvlek, efter en mållös första.
Målskyttarna som fixade segern för Södertälje FF var Josef Girgis, Johannes Izgin och Mattias Kesenci.
Södertälje FF har fem segrar på de senaste fem matcherna, medan Nävekvarn har två vinster och tre förluster.
Med tre omgångar kvar är Södertälje FF i serieledning, och Nävekvarn är på sjunde plats.
Söndag 18 september 16.30 spelar Nävekvarn hemma mot Västerljung.