Laget förlorade med 1-2 (0-1).
Målgörare för Malmköping var Sebastian Rombing och Johan Vallström, medan Runtunas enda mål gjordes av Linus Stenberg.
Med fyra omgångar kvar är Runtuna sist i serien, medan Malmköping är på sjätte plats.
Runtuna tar sig an Afrikansk FC i nästa match borta lördag 5 september 15.00.