Målgörare för Nyköping var Elias Holmberg och Samuel Svedberg, medan målen för Mjölby gjordes av Philip Dimtrén, Adam Lindblad och William Nestun.
Det här var Nyköpings andra uddamålsförlust den här säsongen.
För tabellens utseende betyder det här att Nyköping ligger på fjärde plats medan Mjölby har tredjeplatsen.
Den 12 februari spelar lagen mot varandra på nytt, i ProTrain Arena.
Nästa motstånd för Nyköping är Huddinge. Lagen möts lördag 11 januari 15.00 i Björkängshallen.