Wilmer Mattiasson blev matchhjälte med sitt avgörande 2-1-mål 15.58 in i tredje perioden.
Segern var Nyköpings femte på de senaste sex matcherna.
Första perioden blev mållös.
Det var först 9.01 in i andra perioden som Nyköping tog ledningen genom Robin Petersen på pass av Hampus Mann.
7.24 in i tredje perioden slog Max Wadelius till framspelad av Victor Englund och kvitterade.
15.58 in i perioden nätade Nyköpings Wilmer Mattiasson på pass av Robin Petersen och Hampus Mann och avgjorde matchen.
Det här var Nyköpings femte uddamålsseger.
Resultaten i sista omgången betyder att Göta Traneberg slutar på fjärde plats i tabellen, och Nyköping på nionde plats.