Eva Grimstedt och Lars-Erik Andersson har överklagat kommunens beslut som de anser tagits på felaktiga grunder eftersom man tagit hänsyn till regeländringar som ännu inte börjat gälla.
– Domstolen säger att det inte finns något förbud mot att bygga i det inre skyddsområdet och att avloppsfrågan går att lösa, säger Eva Grimstedt.
Tillsammans med sambon Lars-Erik Andersson driver hon kommunens sista stora mjölkgård, vid Puttebo i Sörtuna, Västerljung, sedan 2001.
För att kunna överlåta jordbruksdriften till yngre krafter vill paret bygga ett mindre bostadshus åt sig själva på fastigheten, som ligger ovanpå Sörtuna vattentäkt, vilken försörjer merparten av Trosa kommuns invånare med dricksvatten.
Hela gården ligger därför innanför kommunens vattenskyddsområde, som regleras av en vattendom från 1979, vilken reglerar avlopp i den inre skyddszon där paret vill bygga.
– Kommunen menar att man inte får bygga alls i den inre zonen, men det kan man, om man lägger avloppet i det yttre skyddsområdet, och man ska rätta sig efter reglerna, säger Lars-Erik Andersson.
Efter att Trosa kommun gett avslag på hans ansökan om förhandsbesked för bygglov anlitade paret en jurist som tog ärendet till mark- och miljödomstolen.
– Vi visste inte hur det skulle gå, men de håller sig till de lagar som gäller. Kommunen hänvisar till att reglerna kommer ändras i framtiden, det menar domstolen att man inte kan, säger Eva Grimstedt.
Pia Lindbäck, bygglovsansvarig och handläggare vid samhällsbyggnadskontoret i Trosa kommun menar att kommunen lutat sig på gällande bestämmelser när man gav avslag.
– Men vi har tagit höjd för att reglerna ses över av den tekniska enheten, som inte velat att nya ansökningar ska beviljas innan de vet vad man kommer fram till. Det är det som är grunden till beslutet, säger hon.
Gården Puttebo vid Sörtuna har utsikt över det inre vattenskyddsområdet ovanpå Sörtuna vattentäkt.
Enligt Pia Lindbäck är avloppsfrågan och risken för att grundvattnet vid vattentäkten förorenas den viktigaste invändningen.
– Men samtidigt menar vi att projektet inte ryms inom den nuvarande detaljplanen, som endast tillåter nybyggnation vid befintlig bebyggelse, säger hon.
Men domstolen, som avgjorde frågan tidigare i år, håller inte med och menar att kommunen har gjort fel när man inte prövade avloppsfrågan innan man gav avslag på Lars-Eriks ansökan.
Paret har nu lämnat in en ansökan för enskilt avlopp vid platsen, där man ännu inte har något bygglov.
– Mark- och miljödomstolen säger att avloppsfrågan ska utredas först, innan vi får fatta beslutet om ett nej. Eller kanske ett ja, om det går att lösa avloppet, säger Pia Lindbäck.
Kommunen ser över reglerna för vattenskyddsområdet där Lars-Eriks och Evas gård ligger.